Với mục tiêu đào tạo những chuyên gia không chỉ có trình độ chuyên môn xuất sắc mà còn có phẩm chất chuyên nghiệp, phát triển cá nhân một cách toàn diện, có khả năng thích nghi được với sự thay đổi như vũ bão của công nghệ, xã hội và nền kinh tế.

Năm 2011 Trường Đại học FPT lần đầu tiên triển khai chương trình học bổng tiến sĩ với 30 suất học bổng dành cho các thí sinh xuất sắc trên toàn quốc, dành riêng cho chuyên ngành Khoa học máy tính.